当然，是脑测，不过以育碧近年的操作也是八九不离十了。
首先从时间来说，育碧选择这个时间点其实是很微妙的。因为这一时间的日本发生一件大事----本能寺之变：织田信长（黑人主角弥助的主人）被在阅兵期间的手下心腹明智光秀叛变，他和其子相继在这场叛变中身亡。明智光秀在叛变数日后因为无人支持最后被信长的另一手下秀吉等击破，最后也死亡（据传是被本地村民中的山贼当成了落魄武士杀死）。
为什么说很微妙呢？首先排开弥助本身处在这个历史时期，本能寺之变本身就有很多谜团在里边，彼时的织田信长威望极大，势力强盛，大有成为日本秦始皇的趋势。但是一直为信长重用的明智光秀却突然叛变（就在叛变前不久，信长还委任光秀前去大战毛利家的大军，在叛变伊始信长还以为是另外一个手下发起的叛变），理由众说纷纭而没有明确答案，而不少人的死亡，尸体去向，也完全没有下文。而此时的另一大人物德川家康----信长的亲密盟友也在此时受到波及，护送本是去观光的德川家康回到三河国的，正是日本史上的著名忍者----服部正成（即最有名的那位服部半藏）。而女主出身的伊贺也正好可以说的上是忍者产业园了。
至此很明确了吧？意外的死亡，忍者组织，这一时期可以给刺客信条这种历史阴谋论发挥的空间太大了。
以下为个人猜测。
弥助曾受到上头命令，前去清缴可能危及信长统治的忍者阶层，女主的亲人朋友在这场屠杀中死亡，父亲也为了保护她牺牲。她流落到了服部正成的忍者组织被培育成为真正的忍者（或是在乡野把自己父亲传授的忍者技巧修至大成）。之后经过几个男女主的章节，本能寺之变，弥助因为没能救下自己的主上悲痛万分，誓要复仇，投奔主上的盟友德川家康，结果在忍者队伍中认识了被自己怀疑是威胁主上的女主。
之后发现，明智光秀是受到了秩序教团（或者类似的啥东西）的指使，之前派弥助清缴忍者的就是明智光秀。男女主放下仇恨团结一致，而半藏旗下的忍者组织其实是刺客组织。然后男女主噶掉光秀之后又清掉几个罐头头目然后最后刺杀教团头目，over。