三体的设定是宏观空间降维不可逆，智子只是在微观尺度卷曲，并没有改变宏观空间维度的能力。降维是科幻设定不必深究，深究的话不同维度的空间是无法同胚映射的，降维的扩张如何保持连续性都是个问题。

第一个，书中说质子被展开成二维平面，不是二维化成二维空间，注意是展开，不是二维化，所以是有厚度的
最后一个，三维太阳被二维化后需要释放能量，人们看到的是释放的电磁波在二维和三维空间交界面的折射
其余的小问题没必要深究

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总之，是因为粒子内部有十一维的复杂结构，所以才能展开成很大的二维面积，而不是楼主想象的通过降维成二维空间，得到一个大面积，粒子内部有如此复杂的结构可利用，根本没必要降维到没有厚度的二维空间

三体人在没有厚度的二维质子上刻了电路
质子二维展开≠二维质子。典型例子就是，二维展开＝你把一个立方纸盒展开成平面纸板。
质子可以从低维度卷回高维度，但其他神级文明不行
质子这种明显存在缺陷的东西神级文明更可能是不会用而不是不能用。典型反例就是，文中以人类的技术水平都能做出质子屏蔽室，对更高阶的文明来说这难道不是更简单基础的材料？
四维空间里的杂物，辐射，真空等因素没有通过第四个方向进入人体内或影响人体
四维空间里的杂物？辐射？真空？你怎么知道四维空间里有这些？好，退一步，四维空间有这些，问题是这些存在的形式能否从第四个维度上影响人体？就说你自己，每时每刻无数中微子穿过你的身体，你有感觉到么？
水滴的原子被定住了没有振动，没有热运动，却会冻伤人，需要戴手套去摸
没有热运动=处于绝对零度=-273.15℃=初中物理
水滴内部装置可以破坏，说明是普通材料，但是不会因为过载而损坏
一根火柴永远烧不化钢铁，虽然这些都是普通材料，你以为的普通材料≠高级文明的普通材料，不要用你的认知去挑战高级文明，正如那句话：无知不是生存的障碍，傲慢才是。
二维人体全部摊平了还能看出动作
二维化本质上并不是瞬间死亡，参考进入四维空间，何况死亡的肌体因为某些原因还能动也不是啥新鲜事，你去菜市场看那些刚被破开的活鱼，心脏跳上三五分钟的常见的很。
二维没有厚度，那么三维物体对它算不算无限大
你做一个实验，把一支笔穿过一张纸，你猜这支笔能被纸上的二维生物看见的部分是哪些？是无限大么？
二维太阳照亮天体边缘，只是一条没有宽度的曲线，却可以被看见
“边”这个概念本质上就没有宽度，你能说你与外界接触的边有多宽？你能看到边只是因为亮度有区别，同理，二维太阳照亮天体边缘，你能看到曲线，只是因为天体外侧被照亮而内侧是黑的。